1998年，吴佩慈推出了首张专辑《AllMyPace》。2002年，她出演了电视剧《流星花园Ⅱ》。2005年3月，她出版自己首本美容书《美丽达人》;4月推出了自己第二张个人专辑《LookAtMe》。2008年10月，她发行EP《夜光航线》。2010年，她出演的电影《预审》和《剑雨》上映。2013年4月12日，吴佩慈出演的爱情电影《分手合约》上映;8月9日，她出演的性感喜剧《一夜惊喜》上映;9月，吴佩慈称已怀孕4个月，2月17日中午12点在香港剖腹生下小马女，已取好小名“小蕊蕊”。
1998年，吴佩慈推出了《All My Pace》、《Pace》和《挑剔》三张专辑。
2002年，她出演了电视剧《流星花园Ⅱ》。
2005年3月，她出版自己首本美容书《美丽达人》;4月，她推出了专辑《Look At Me》 ;12月，吴佩慈获得“芭比奖”，成为首位获此殊荣的中国台湾女艺人，这也是华人首次获奖 。同年，她还获得了腾讯风尚星光大道奖 。
2007年，吴佩慈出席了东方卫视明星秀《劳动最光荣》发布会并参与第一期节目的录制 。同年7月，吴佩慈在“2007粤港十年 网娱盛典”颁奖晚会上获颁最具风情女艺人奖 。同年12月，她被《风度》杂志评为年度最具人气封面女星 。
2008年，吴佩慈作为主持人登上央视中秋晚会的舞台 。10月，她发行EP《夜光航线》。辑中共收录了四首歌曲，都是描写恋爱中女人的心情 。12月，吴佩慈出演了吴镇宇执导的电影《追影》，并在影片中担任女主角 。
2009年，吴佩慈出演了程珑导演处女作《终极匹配》;3月，她作为“娱乐庆典十周年”代言人出席此次活动 ;8月，她正式宣布加盟了徐静蕾执导的《杜拉拉升职记》，演绎都市女白领 ;11月，她出演的《熊猫大侠》上映，它在这部电影中首次尝试了颠覆自己已往形象的表演 。
2010年4月，她主演的电影《预审》上映 。6月12日，她踏上了上海电影节的星光大道，这也是她主演的《剑雨》首次正式亮相 。9月，她主演的《密室之不可告人》首曝造型照 ，影片于10月29日上映，3天全国票房近千万元 。
2013年3月，吴佩慈亮相巴黎秋冬时装周Carven专场秀 。4月12日，吴佩慈出演的治愈系浪漫爱情电影《分手合约》上映，影片上映10天累计票房已超过1.45亿 。8月9日，她出演的性感喜剧《一夜惊喜》上映 。
吴佩慈担任了《加油好男儿》全国总决选的评委
▪2007-12 HOT 100风度杂志年度最具人气封面女星 (获奖)
▪2007-07 “2007粤港十年 网娱盛典”最具风情女艺人奖 (获奖)
▪2005-12 芭比奖 (获奖)
▪2005 腾讯风尚星光大道奖 (获奖)
2011年，吴佩慈与Peter Chen分手。
2013年9月，吴佩慈透漏自己怀孕4个月，男友是纪晓波。
2014年2月17日中午12点在香港剖腹生下小马女，母女均安。吴佩慈女儿身高50公分，重2760克，已取好小名“小蕊蕊”，英文名“Hillary”，希望宝贝千金看齐美国政坛女强人希拉里的聪慧、坚强、勇敢。
2008年，吴佩慈积极响应“2008发现中国式美丽”大型公益活动。吴佩慈写真该活动面向全国摄影家和摄影爱好者征集作品。征集的作品将以“中国式美丽”为创作理念，以女性人物为主题，结合人文景观与自然风光，表现生活中美丽、幸福的瞬间。 12月，吴佩慈推出的《吴佩慈-爱遍中国爱心纪念邮票》上市，向世人发出爱心召唤，呼吁各界参与爱遍中国助学助教
吴佩慈的漂亮好身材是圈里圈外人有名的，她有的1：9身材比例，又有丰满有致的女人曲线，还有靓丽的肌肤 ，常被称为“九头身美女”、“芭比娃娃”。同时，她又有着充满智慧、理性思考的一面
吴佩慈很像邦女郎，动作都很利落，很有韵味，能很快进入角色，而且能吃苦 (吴镇宇评)。
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